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塞巴斯蒂昂作为葡萄牙国王，其宗教狂热对摩洛哥军事行动产生了多方面显著影响。他在宗教激情驱使下积极决策，在军事行动中表现出不计后果的冒险性。
决策因素受宗教主导
塞巴斯蒂昂的宗教狂热使其将对摩洛哥的军事行动视为一场神圣的宗教战争。他认为这是传播基督教、打击伊斯兰教势力的重要机会，因此在决策时，宗教因素成为主导。例如，他不顾葡萄牙国内的实际情况和军事力量的局限性，执意发动战争。这种基于宗教狂热的决策，缺乏对战争形势的理性分析和战略考量。
军事行动的冒险性
在战争过程中，塞巴斯蒂昂的宗教狂热让他表现出极大的冒险性。他亲自率军深入摩洛哥内陆，轻视敌人的实力。1578年的三王之战，他拒绝了一些谨慎的军事建议，执意快速推进，最终导致葡萄牙军队陷入困境。这种冒险的军事行动，很大程度上是由于他坚信上帝会站在基督教一方，帮助他们取得胜利。
士气的双重影响
宗教狂热在一定程度上提升了葡萄牙军队的士气。士兵们被灌输了这是一场为上帝而战的理念，他们愿意为了宗教信仰奋勇杀敌。然而，这种基于宗教狂热的士气并不稳定。当战争局势不利时，士兵们可能会因为对上帝保佑的期望破灭而产生恐慌和动摇。例如在三王之战的关键时刻，葡萄牙军队的士气受到了严重打击，最终导致战争的失败。
国际形象与外交关系
塞巴斯蒂昂的宗教狂热军事行动也影响了葡萄牙的国际形象和外交关系。其他欧洲国家可能对他这种激进的宗教战争行为持有不同态度，这可能会影响葡萄牙在国际上的地位和外交合作。同时，与摩洛哥的战争也加剧了两国之间的仇恨和矛盾，使得地区局势更加紧张。