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松花江水师营自建立后，在装备、编制、职能等方面历经重要变革与调整，对当时的军事、外交及地方发展产生了深远影响。
装备的更新换代
- 初期：建立之初，水师营船只多为简易木质战船，武器配备也较为简陋，主要是冷兵器与少量火器。
- 中期：随着军事需求变化，陆续引入了更先进的战船，如配备火炮的大型战船，增强了水师的战斗力。
- 后期：近代以来，受到西方军事技术冲击，开始尝试购置或仿造蒸汽动力船只，武器也逐步向近代枪炮转变。
编制与人员的调整
- 规模变化：根据不同时期的军事任务与战略需求，水师营的规模有过多次调整。在边疆战事紧张时，会扩大编制、招募更多士兵；和平时期则适当缩减规模。
- 人员结构：初期人员多为当地渔民、水手等，军事素养参差不齐。后来逐渐增加了专业军事人才的比例，还设立了专门的训练机构来提升士兵素质。
职能与任务的转变
- 军事防御：最初主要承担边疆的军事防御任务，抵御外敌入侵，维护边境安全。
- 外交与运输：在和平时期，水师营也承担一些外交使命，如护送使节等。同时还负责松花江水道的物资运输任务。
- 近代海防：随着时代发展，水师营的职能逐渐向近代海防方向转变，参与到抵御海上列强侵略的任务中。