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伊莎贝尔一世去世后，西班牙面临继承危机、政治分裂与殖民地管理动荡，统一进程遭遇阻力。
权力真空与继承争议
1504年伊莎贝尔一世逝世，其女胡安娜继承卡斯蒂利亚王位，但因精神问题无法执政，导致权力争夺激化。其丈夫腓力一世与父亲斐迪南二世围绕摄政权展开斗争，削弱了中央集权权威。
卡斯蒂利亚与阿拉贡的联合危机
伊莎贝尔与斐迪南的共治曾推动两国联合，但她的离世使阿拉贡（斐迪南统治）与卡斯蒂利亚（胡安娜名义统治）的合作关系松动，地方贵族趁机扩大自治权。
殖民地管理波动
伊莎贝尔生前支持哥伦布航行并建立殖民地管控体系，其逝世后，殖民地的资源分配与治理效率下降，部分探险活动停滞（见表1）。
| 领域 | 伊莎贝尔统治时期 | 逝世后短期变化 |
|---|---|---|
| 殖民地控制力 | 高度集中 | 地方官员权力扩大 |
| 探险资助 | 持续支持 | 资金缩减，项目暂停 |
| 土著政策 | 严格监管 | 执行力度减弱 |
宗教统一进程受阻
伊莎贝尔推动的宗教裁判所与驱逐异教徒政策在其去世后放缓，斐迪南二世更关注政治稳定，宗教整合力度下降，延缓了意识形态统一。
中央集权制度弱化
地方贵族与城市议会借王权斗争之机，重新攫取税收、军事特权，导致伊莎贝尔建立的集权体系局部瓦解，统一国家的行政效率降低。