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当时科学界进行动植物基因混合移植研究时，伦理争议不断，涉及多个层面，引发了广泛的讨论和担忧。
将动物基因移植到植物或反之，可能创造出“嵌合体”生物。这挑战了人类对自身和其他生物的传统认知，让人质疑人类的独特性和尊严。例如，若在动植物混合基因生物中发现人类基因特征，会模糊人与其他生物的界限，引发对人类身份认同的混乱。
混合基因的动植物释放到环境中，可能成为入侵物种，与本地物种竞争资源，导致本地物种数量减少甚至灭绝。它们还可能通过杂交等方式改变原有生物的基因库，破坏生态系统的稳定性，对生物多样性造成难以预估的影响。
不同的宗教和文化对生命的起源、本质和界限有各自的教义和信仰。动植物基因混合移植违背了一些宗教中关于生命创造和自然秩序的观念，会引发信教群体的强烈反对，造成宗教和文化层面的冲突。
在基因混合移植过程中，动物可能会遭受痛苦和折磨。为了获取合适的基因进行移植，动物可能要经历多次实验操作，其生存环境和生活质量会受到严重影响，这与倡导保护动物福利的理念相悖。
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